Commercialista per cliniche private, case di cura e poliambulatori

Cosa facciamo per una clinica o una casa di cura privata

Una struttura sanitaria privata lavora con regimi IVA diversi sotto lo stesso tetto: la visita specialistica è esente, il ricovero può essere esente o al 10%, una prestazione senza finalità di cura è tassata in modo ordinario. Ogni scelta incide sull'IVA che si recupera sugli acquisti, e in una clinica gli acquisti sono macchinari da centinaia di migliaia di euro.

Per cliniche, case di cura e poliambulatori seguiamo:

• la mappa IVA delle prestazioni: esenti, al 10%, ordinarie, con la documentazione che le giustifica;
• il calcolo del pro-rata e la valutazione dell'opzione per le attività separate prima di un investimento importante;
• invio dei dati al Sistema Tessera Sanitaria, bollo sulle fatture esenti, documenti per la detrazione dei pazienti;
• incasso centralizzato dei compensi dei medici, ritenute e comunicazione annuale;
• contabilità ordinaria, bilancio, IRES e IRAP della società, anche con l'organo di controllo quando previsto.

Con la classificazione ATECO 2025 i quattro codici precedenti per ospedali e case di cura (generici, specialistici, universitari, di lunga degenza) sono confluiti nell'86.10.00. I centri che erogano in ambulatorio o in day hospital prestazioni specialistiche come dialisi, radioterapia o chemioterapia usano invece l'86.22.03. Chi non ha ancora aggiornato il codice lo fa con una variazione dell'attività.

Prestazione esente, al 10% o con IVA ordinaria: la mappa di una clinica

L'art. 10, primo comma, del DPR 633/1972 contiene le due esenzioni che contano per una struttura sanitaria.

• Numero 18: sono esenti le prestazioni sanitarie di diagnosi, cura e riabilitazione rese nell'esercizio delle professioni e arti sanitarie soggette a vigilanza. Vale per visite, esami, interventi, terapie.
• Numero 19: sono esenti le prestazioni di ricovero e cura rese da enti ospedalieri o da cliniche e case di cura convenzionate, compresi medicinali, presidi e vitto. Le imprese sociali in forma di società ne sono escluse.

La clinica non convenzionata

Il ricovero e cura che non rientra nei numeri 18 e 19, comprese le prestazioni di maggiore comfort alberghiero, sconta l'IVA al 10% (Tabella A, parte III, n. 120). Con la risposta n. 211/2024 l'Agenzia delle Entrate ha applicato il 10% a una clinica privata non convenzionata per la sala operatoria messa a disposizione e la camera post-operatoria in regime privato, insieme ai farmaci di sala fatturati con esse.

C'è però un'eccezione utile. Se la prestazione sanitaria è acquistata da un terzo e inserita nel ricovero reso dalla clinica non convenzionata, l'esenzione resta per il ricovero fino al corrispettivo pagato al terzo. È l'esenzione che gli operatori chiamano trilaterale, e va documentata con i contratti tra clinica e professionisti.

Quando la prestazione non è sanitaria

L'esenzione segue lo scopo, non il camice. La Corte di giustizia UE (causa C-307/01) ha escluso le prestazioni mediche che non tutelano la salute, come gli esami per una perizia in una causa di risarcimento. Per la chirurgia e la medicina estetica l'esenzione richiede un'attestazione medica della finalità terapeutica, precedente all'intervento (art. 4-quater D.L. 145/2023, risoluzione 42/E/2025); il tema ha una pagina dedicata sulla chirurgia estetica. Con la risoluzione 9/2026, infine, l'Agenzia ha chiarito che le prestazioni di osteopati, chiropratici e chinesiologi non sono prestazioni sanitarie esenti: un poliambulatorio che le ospita deve fatturarle con IVA.

Pro-rata e macchinari: quanto IVA recuperi su una TAC

Per l'art. 19 del DPR 633/1972 chi compra beni e servizi destinati a prestazioni esenti non può recuperarne l'IVA. Una clinica con ricoveri al 10% o prestazioni tassate al 22% accanto a quelle esenti recupera solo una quota: la percentuale è il rapporto tra operazioni imponibili e totale delle operazioni, arrotondata all'unità, senza contare le cessioni di beni ammortizzabili. Durante l'anno si usa la percentuale dell'anno precedente e a dicembre si fa il conguaglio.

Su un apparecchio diagnostico l'effetto è grande: con un pro-rata del 25%, tre quarti dell'IVA pagata diventano costo. Per questo, prima di un investimento, valutiamo due strade.

• Restare nel pro-rata, se gli acquisti servono a tutte le attività e non si possono attribuire a una sola.
• Optare per l'applicazione separata dell'IVA (art. 36 DPR 633/1972), per esempio separando un'attività tassata da quella sanitaria esente. L'IVA sugli acquisti destinati solo all'attività tassata si detrae per intero.

La scelta si fa con i numeri dell'anno e con il piano degli investimenti. Va valutata anche la rettifica della detrazione negli anni successivi, perché un macchinario acquistato con un pro-rata alto e usato poi soprattutto per prestazioni esenti genera rettifiche.

Fatture, bollo e dispensa

La dispensa dalla fatturazione per le operazioni esenti (art. 36-bis) non vale per le prestazioni dei numeri 18 e 19: la clinica fattura sempre. Sulle fatture esenti oltre 77,47 euro va il bollo di 2 euro; le fatture per operazioni soggette a IVA non lo pagano, e in quelle miste è dovuto solo se la parte non soggetta supera 77,47 euro.

Sistema Tessera Sanitaria e fattura elettronica: le regole del 2026

Le fatture sanitarie ai pazienti non si emettono tramite il Sistema di Interscambio. L'art. 10-bis del D.L. 119/2018 lo vietava anno per anno; il D.Lgs. 81/2025 ha tolto i riferimenti ai singoli anni e il divieto è diventato permanente. Con la risoluzione 9/2026 l'Agenzia ha precisato che le prestazioni sanitarie verso persone fisiche non vanno mai fatturate via SdI, chiunque le renda, anche una società, e anche quando il paziente si oppone all'invio dei dati.

Gli istituti di ricovero e cura, i presidi di specialistica ambulatoriale e le altre strutture accreditate inviano i dati delle spese sanitarie al Sistema Tessera Sanitaria (art. 3 D.Lgs. 175/2014). Dai dati del 2025 l'invio è annuale, entro il 31 gennaio dell'anno successivo (DM MEF 29 ottobre 2025): per i dati 2025 la scadenza è slittata a lunedì 2 febbraio 2026, e per i dati 2026 slitta a lunedì 1° febbraio 2027, perché il 31 gennaio cade di domenica. Per ogni comunicazione omessa, tardiva o errata la sanzione è di 100 euro, fino a 50.000 euro, ridotta a un terzo se si corregge entro 60 giorni.

Le fatture verso aziende, assicurazioni e fondi sanitari seguono invece le regole ordinarie: le gestiamo con la fatturazione elettronica tenendo separati i due flussi.

La detrazione dei pazienti

Il paziente detrae il 19% delle spese sanitarie oltre 129,11 euro, ma dal 2020 solo se paga con mezzi tracciabili (L. 160/2019). Sono escluse dall'obbligo le prestazioni rese da strutture pubbliche o private accreditate al Servizio sanitario: secondo la guida dell'Agenzia la deroga vale anche per le prestazioni in regime privato, contanti compresi. Se la fattura non indica l'accreditamento, il paziente deve dimostrarlo con gli elenchi regionali. Scriverlo in fattura costa una riga e risparmia contestazioni.

I medici che lavorano in struttura: incasso, ritenute e comunicazione

Quando un medico o un paramedico libero professionista lavora nella struttura, il compenso pagato dal paziente non va direttamente a lui. Le strutture sanitarie private incassano in modo unitario i compensi in nome e per conto del professionista, li riversano e li registrano (art. 1, comma 38, L. 296/2006). Ogni anno, entro il 30 aprile, comunicano all'Agenzia delle Entrate i compensi riscossi per ciascun medico nell'anno precedente.

Quando invece la struttura paga essa stessa compensi di lavoro autonomo a un medico, opera come sostituto d'imposta e trattiene la ritenuta d'acconto del 20% (art. 25 DPR 600/1973). Sono due flussi diversi, con documenti diversi: confonderli porta a ritenute non versate o a compensi comunicati due volte.

Per i medici che collaborano con la struttura e cercano assistenza per la propria posizione abbiamo un servizio dedicato ai professionisti.

Responsabilità e assicurazione

Le strutture sanitarie private devono avere una copertura assicurativa, o analoghe misure, per la responsabilità civile verso terzi e verso i prestatori d'opera (art. 10 L. 24/2017). La struttura risponde anche dell'operato dei medici scelti dal paziente e non dipendenti. Il DM 232/2023 fissa i massimali minimi per sinistro: 1 milione per gli ambulatori, compresi i laboratori; 2 milioni per le strutture senza chirurgia, ortopedia, anestesia e parto; 5 milioni per chi le svolge. Il massimale annuo deve essere almeno il triplo. Il costo della polizza, o dei fondi in caso di autoritenzione, va nel bilancio e nel piano economico.

Accreditamento, accordi contrattuali e budget con il Servizio sanitario

Per lavorare per conto del Servizio sanitario servono tre passaggi: autorizzazione all'esercizio, accreditamento istituzionale rilasciato dalla Regione e accordi contrattuali (artt. 8-bis e seguenti del D.Lgs. 502/1992). Gli accordi fissano il volume massimo di prestazioni e il corrispettivo preventivato; se le tariffe aumentano, il volume remunerato si ricalcola per restare nei limiti di spesa.

Due conseguenze da tenere nel bilancio. Essere accreditati non dà diritto a essere pagati oltre l'accordo, quindi le prestazioni oltre il budget sono un rischio di credito. E se l'accordo non viene firmato, l'accreditamento è sospeso. Nel controllo di gestione separiamo i ricavi a contratto, quelli extra budget e quelli privati, così la struttura vede dove guadagna e dove anticipa.

Un nuovo ambulatorio fuori dalla sede principale va iscritto nel Registro delle Imprese come unità locale, oltre ad avere la propria autorizzazione sanitaria.

Una casa di cura non convenzionata, un anno in numeri

Esempio con importi ipotetici, per mostrare il metodo.

Se nell'anno la clinica paga 150.000 euro di IVA su acquisti comuni, compreso un nuovo apparecchio diagnostico, ne detrae 37.500. Gli altri 112.500 euro diventano costo. È questa la cifra da confrontare con l'opzione per le attività separate, prima di firmare l'ordine.

Con una fattura media di 250 euro, i 3 milioni di prestazioni esenti corrispondono a 12.000 fatture: il bollo da 2 euro vale 24.000 euro l'anno, da addebitare correttamente e da versare.

Per una struttura che svolge anche attività chirurgica, il massimale assicurativo minimo è 5 milioni per sinistro e 15 milioni l'anno.

Gli errori più costosi in una struttura sanitaria privata

1. Ricovero esente in una casa di cura non convenzionata. Va al 10%, salvo la quota sanitaria acquistata da terzi.
2. Estetica fatturata come esente senza attestazione precedente all'intervento.
3. Fatture sanitarie ai pazienti inviate via SdI. È vietato, anche se il paziente si oppone all'invio dei dati.
4. Invio al Sistema TS saltato o ritardato: 100 euro per comunicazione.
5. IVA sui macchinari detratta per intero con operazioni esenti, o pro-rata non conguagliato.
6. Accreditamento non indicato in fattura, con pazienti che pagano in contanti e perdono la detrazione.
7. Bollo dimenticato sulle fatture esenti oltre 77,47 euro.
8. Compensi dei medici non comunicati entro il 30 aprile, o confusi con i compensi pagati dalla struttura.
9. Budget costruito oltre il volume dell'accordo con l'ASL.
10. Polizza sotto i massimali del DM 232/2023.
11. Osteopatia e chiropratica fatturate come esenti dopo la risoluzione 9/2026.

Come lavoriamo con la tua clinica

1. Mappa delle prestazioni. Elenco delle prestazioni con il regime IVA di ciascuna e il documento che lo giustifica: convenzione, attestazione, contratto con il professionista.
2. Analisi della detrazione. Pro-rata degli ultimi anni, piano degli investimenti, convenienza delle attività separate.
3. Adempimenti ricorrenti. Sistema TS, bollo, ritenute, comunicazione dei compensi, liquidazioni IVA.
4. Bilancio e controllo. Ricavi per regime e per pagatore, crediti verso il Servizio sanitario, bilancio, IRES e IRAP.

Il Testo unico IVA approvato con il D.Lgs. 10/2026 sostituisce l'art. 10 del DPR 633/1972 dal 1° gennaio 2027: entro la fine dell'anno riallineiamo con la struttura le diciture di esenzione su fatture, contratti con le assicurazioni e gestionale.

Facciamo la mappa IVA della tua struttura

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